Neoantijen keşfini açıklanabilir, izlenebilir ve sınanabilir hâle getiren İstanbul merkezli araştırma platformu.
NEOIMMUNAI; eşleşmiş tümör–normal WES, tümör RNA-seq, yüksek çözünürlüklü HLA genotipi ve kontrollü T-hücresi fonksiyonel deneylerini tek bir izlenebilir veri modelinde birleştirir. Sınırlı deney kapasitesi altında hangi mutant/WT peptit çiftinin ilk sırada test edileceğine dair kararı nicel, denetlenebilir ve deney öncesinde kilitlenmiş hâle getirir — kara kutu skor yok.
Sayılar planlanan hedeflerdir; pilot fizibilite ve kapsam onayı ile kesinleşir. Klinik üstünlük iddiası taşımaz.
Üç soru. Yedi ajan. Tek denetlenebilir partisyon.⚙
Kim olduğunuzu, neye ihtiyaç duyduğunuzu ve hangi yetki alanında çalıştığınızı söyleyin. Orkestratör; veri kalitesi, varyant, HLA sunumu, peptit tasarımı, deney tahsisi, kanıt provenansı ve uyum ajanlarını sırayla görevlendirir ve her adımın neden seçildiğini yazar. Her ajan kendi girdi/çıktı sözleşmesine, bütçesine ve durdurma kuralına sahiptir.
K, hasta başına geçerli deney slotu sayısıdır ve teknik test başlamadan dondurulur.
Rol sözleşmesi, serbest ajan değil
Her ajan bildirimli olarak kaydedilir: hangi veri nesnesini okuyabilir, hangi alanı yazabilir, hangi eşikte durur. Ajan rolü çalışma zamanında zorlanır; kendi görev tanımını genişletemez.
Bütçeli bağlam ve provenans
Ajanlar yalnızca kendi kapsamına ayrılmış, sürümlenmiş veri kümesini görür. Kimliği, birimi, ölçüm sınırı, kaynağı ve yöntem sürümü olmayan hiçbir kayıt değerlendirme setine sessizce giremez.
Küçük veride düşük karmaşıklık
32 hastalık ölçekte derin modeller yerine şeffaf özellik ağırlıklı puanlama, düzenlileştirilmiş lojistik model ve kural tabanlı raporlama tercih edilir. Belirsizlik gizlenmez, raporlanır.
Araştırma sorusu, hipotezler ve ölçülebilir hedefler⚙
Tümör–normal WES, tümör RNA-seq ve HLA verilerinden türetilen kalite kontrollü özelliklerin, peptit–HLA tahminlerinin ve deneysel kapasite kısıtlarının birlikte kullanıldığı bir önceliklendirme yaklaşımı; aynı sayıda ve aynı nitelikte deney slotu kullanıldığında, önceden belirlenmiş referans sıralama yöntemlerine kıyasla daha fazla geçerli mutant-seçici T-hücresi yanıtının saptanmasını sağlayabilir mi?
Belirlenmiş geçerli deney kapasitesi K altında, hasta bazında saptanan geçerli mutant-seçici donör T-hücresi yanıtı verimi (yield@K) ve kilitli referans sıralama yöntemi ile karşılaştırılması.
Çok kaynaklı moleküler özellikleri ve operasyonel uygulanabilirliği birleştiren açıklanabilir önceliklendirme, yalnızca tek bir HLA bağlanma puanına dayanan karşılaştırıcıya göre ilk K testte fonksiyonel yanıt bulma verimini artırma potansiyeli taşır. Bu keşifsel bir hipotezdir.
HLA uyumlu sağlıklı donörlerden elde edilen naif T-hücrelerinin mutant peptitlere karşı ex vivo yanıtları, hastanın kendi repertuvarında saptanabilen yanıtlarla her zaman örtüşmez. İki biyolojik yanıt kaynağı ayrı alanlarda değerlendirilir.
Sekiz özel amaç ve başarı göstergeleri
| Hedef | Kapsam | Başarı göstergesi |
|---|---|---|
| H1 Klinik örnekleme ve izlenebilir kohort | İki klinik merkez; uygunluk, onam, veri sözlüğü, örnek kodlama ve transfer standardizasyonu | 32 tümör–normal çifti için kodlanmış kayıt; onam–kaynak–transfer–alikot–QC geçmişinin izlenebilirliği |
| H2 Moleküler aday havuzu | 64 WES (tümör ≥100×, normal ≥50×), 32 tümör RNA-seq (~40M PE read pair), yüksek çözünürlüklü HLA | Kabul ölçütlerini karşılayan veri setleri; filtrelenmiş somatik varyantlar; mutant–WT peptit çiftlerinden izlenebilir aday veri tabanı |
| H3 HLA tanımlı donör paneli | Sağlıklı gönüllü periferik kanı; PBMC izolasyonu, naif T/monosit hazırlığı, kriyoprezervasyon | 4–6 donörle pilot hücre verimi ve fizibilite raporu; donör–HLA–alikot–kültür–deney bağının izlenebilirliği |
| H4 Mutant/WT kontrollü doğrulama | 9–11 aa sınıf I mutant peptitler ve eşleşmiş WT kontrolleri; IFN-γ ELISpot, AIM, ICS, HLA bağımlılığı | Deney öncesi tanımlı pozitiflik ve mutant seçicilik kuralları; pozitif/negatif/belirsiz/geçersiz sınıfları |
| H5 Otolog karşılaştırma kolu | Yeterli canlı PBMC bulunan hastalarda aynı aday için otolog yanıt araştırması | Hücre uygunluğu ve deney gerçekleşme durumu; otolog yanıt yokluğunun immünojenisite yokluğuna eşitlenmemesi |
| H6 TCR ve ileri kanıt | ≤30 bulk TCRβ, ≤10 eşleşmiş α/β, ≤10 raportör, ≤10 doğal hedef kontrol paneli (hizmet kapasitesi) | Her aday için seçim gerekçesi, başlangıç deney kaydı, TCR verisi ve kanıt düzeyinin bağlantılı raporlanması |
| H7 NEOIMMUNAI yazılımı | Hasta–örnek–alikot–omik–varyant–peptit–donör–deney–TCR–model sürümü ilişkisel veri modeli ve LIMS | Sürümlü veri sözlüğü, API, erişim/denetim kayıtları, model kartları, aday ekranları, kabul testleri |
| H8 Prospektif ve tarafsız sınama | 22 hasta geliştirme / 10 hasta kilitli teknik değerlendirme; Ay 14 model kilidi | Kilit öncesi model sürümü, kilitli aday listesi, hasta bazlı yield@K ve belirsizlik aralıkları |
Klinik numuneden kanıt kartına: altı evre⚙
Temel metodolojik ilke, deney öncesi algoritmik tahmin ile deney sonrası gözlenen immünolojik yanıtın birbirinden ayrılmasıdır. Aday sıralaması ve deney kontenjanı kilitlenir; ancak sonra laboratuvar deneyleri yürütülür. Deney sonuçlarının aday seçimine geriye dönük dahil edilmesi yasaktır.
Birleşim havuzu ve rastgele slot tahsisi
Yalnızca AI'nın önerdiği adayların test edilmesi ve referans yöntemin ölçülmemiş adaylarının başarısız kabul edilmesi yasaktır. Hasta bazında ortak deney kotası içinde AI ve referans top-K adaylarının birleşim kümesi, gerektiğinde ortak havuzdan rastgele ayrılan slotlar veya eşleşmiş dengeli deney planı kullanılır.
Hasta düzeyinde ayrım
Model eğitiminde peptitleri rastgele ayırıp aynı hastanın peptitlerini eğitim ve teste dağıtmak yasaktır. Aynı hastadan gelen farklı peptitler, HLA alternatifleri, farklı donörler ve teknik tekrarlar bağımsız hasta gözlemi sayılmaz; gerektiğinde lokus ve donör düzeyinde ek sızıntı kontrolleri uygulanır.
Hasta bağımsızlık birimi
Güven aralıkları hasta düzeyinde bootstrap veya eşleştirilmiş hasta analiziyle hesaplanır. precision@K, recall@K (yalnızca değerlendirilen aday evreninde) ve uygun durumda NDCG destekleyici metriklerdir. Çoklu keşifsel sonlanımlar düzeltilmemiş üstünlük kanıtı olarak sunulmaz; etki büyüklüğü ve belirsizlik önceliklidir.
Sürümlenmiş biyoinformatik hat ve kalite kapıları⚙
Eşleşmiş tümör–normal tüm ekzom
- Hedef ortalama kullanılabilir kapsama: tümör ≥100×, normal ≥50×
- Twist Human Comprehensive Exome veya doğrulanmış eşdeğer panel; NovaSeq 2×150 bp
- '30 M read pair = 100×' gibi otomatik eşdeğerlik varsayılmaz; gerçek hedef alan ve duplikasyon hesaba katılır
- FastQC/MultiQC → GRCh38 hizalama → Mutect2 benzeri somatik çağırım + panel-of-normals → FILTER/INFO gerekçeli VCF → VEP
- Tümör–normal kimlik eşleşmesi kalıtsal SNP uyum analiziyle; ayrı STR hizmeti rutin olarak bütçelenmez
Hasta bazlı tümör ekspresyon profillemesi
- Illumina Stranded mRNA-Seq, ~40 M paired-end read pair/örnek (2×150 bp)
- Birincil amaç diferansiyel ekspresyon testi değil, hasta bazında gen/transkript profillemesidir
- RIN düşük örneklerde rRNA-deplesyonlu Stranded Total RNA-Seq ve artırılmış derinlik değerlendirilir
- Mutasyonun RNA okumasıyla doğrudan desteklenmesi yardımcı kanıt olarak raporlanır; genel gen ekspresyonu mutant allelin ifadesini kanıtlamaz
- Tümör saflığı ve normal doku karışımı nedeniyle negatif RNA desteğinin anlamı sınırlıdır
Hasta HLA'sı normal DNA alikotundan; donör HLA'sı ilgili periferik kandan. Yüksek çözünürlüklü HLA-A, -B, -C iki alan/alan eşdeğeri tipler ana HLA-I kapsamını oluşturur. HLA-II ana sentez stratejisinde zorunlu değildir. Donör–hasta eşleştirmesinde adayı sunabilecek doğrulanmış aynı alel temeldir; alel eşleşmesi yoksa reaktivite uygun kontrol olmadan yorumlanmaz.
Sınıf I havuzu ağırlıklı olarak 9, 10 ve 11 aminoasitlik peptitlerden oluşur. Her mutant peptit için aynı pozisyon ve uzunlukta WT kontrol peptidi eşleştirilir. RUO çerçevesinde, ≥%95 HPLC saflığı ve kütle spektrometrisi ile kimlik doğrulaması temel kalite hedefidir; lot, kuru miktar, kromatogram, çözündürme ve saklama koşulu LIMS'e kaydedilir.
Germline veriler ve somatik varyantlar aynı hasta için ayrı güvenlik alanlarında tutulur. Klinik anlam taşıyan olası kalıtsal tesadüfi bulgular proje araştırma çıktısı olarak otomatik raporlanmaz; klinik yönetime aktarım ancak ayrı etik/kurumsal prosedür ve doğrulama ile ele alınır.
Donör kolu, otolog kolu ve iki kolun ayrı okunması⚙
Kontrollü peptit uyarımı / priming
LRS sistemi tasarımdan çıkarılmıştır; donör T-hücresi ve monosit kaynağı, gerekli onam ve izinlerle sağlıklı gönüllü periferik kanıdır. İlk 4–6 HLA tanımlı donörde PBMC verimi, canlılık, naif CD8+ yüzdesi, monosit geri kazanımı, çözdürme sonrası canlılık, kültür kurulabilirliği ve sarf tüketimi ölçülür. MACS/FACS yalnızca ayrım yöntemidir, LRS yerine bir hücre kaynağı değildir.
Koşullu, önceden tanımlı alt küme
Otolog kol, yeterli canlı PBMC elde edilen ve onamı uygun hastalarda yürütülür. Tedavi öyküsü, lenfopeni durumu, başlangıç hücre sayısı ve çözme sonrası canlılık yorumun ön koşuludur. PD-1⁺ CD8 zenginleştirmesi, hücre geri kazanımının pilotta gösterilmesine bağlı koşullu bir alt analizdir ve tüm tümöre özgü hücreleri kapsadığı varsayılmaz. Otolog testte sonuç alınamayan hastalar donör pozitifleriyle ikame edilerek 'otolog pozitif' raporlanamaz.
Karşılaştırma birimi aynı hastaya ait aynı mutant peptit–HLA adayıdır. Hücre kaynağı ve kültür protokolleri farklı olduğundan mutlak ELISpot sayıları doğrudan eşdeğer sayılmaz.
Deney sonucu durum kodları
Teknik geçerlilik + arka plan kontrolü + mutant–WT farkı birlikte sağlanır.
Kontroller geçerli, yanıt saptanmadı. İmmünojenisite yokluğu kanıtı değildir.
Pozitif kontrol başarısız, canlılık düşük veya kuyucuk artefaktı. Negatifle karıştırılmaz.
Sinyal eşik civarında veya tekrarlar uyumsuz. Belirsizlik korunarak raporlanır.
Kapasite, materyal veya HLA eşleşmesi yok. Eksik gözlem negatif sayılmaz.
Her aday, kanıt düzeyiyle birlikte taşınır⚙
Tahmin, ex vivo donör yanıtı, otolog yanıt, TCR kanıtı ve doğal sunum birbirinin yerine geçmez. Platform bu beş düzeyi ayrı alanlarda tutar; birinden diğerine otomatik yükseltme yapılmaz.
M1–M5 modül kapsamı ve gerçekçi öğrenme stratejisi
HLA sunum potansiyeli
Yayınlanmış MHC-I sunum/bağlanma tahmin skorlarının standardizasyonu ve sıralamaya girdi olarak kullanımı. İmmünopeptidomik veri olmadan yerel 'doğal sunum doğrulandı' etiketi üretilmez.
Donör yanıtı saptanabilirliği
HLA bağlamı, moleküler özellikler ve donör materyal kapasitesiyle geçerli mutant-seçici yanıt olasılığının sıralanması. Şeffaf ağırlıklı puanlama ve düzenlileştirilmiş lojistik model esas alınır.
Otolog yanıt keşfi
Yeterli otolog etiket bulunursa keşifsel değerlendirme. M2'nin pozitif donör etiketi M3 için otomatik pozitif etiket yapılamaz.
Çapraz reaksiyon ve sınır kanıtı
Mutant–WT ayrımı, seçilmiş normal peptit kontrolleri ve ek hedef panellerinin kural tabanlı raporlanması. Birkaç deneyle evrensel çapraz reaksiyon yokluğu ilan edilemez.
Aday kanıt dosyası
M1–M4 çıktıları, donör ve otolog sonuçlar, TCR kanıtı, doğal hedef durumu, test edilmemiş alanlar ve belirsizlikler ayrı katmanlarda; veri provenansı ve sınırlı araştırma kullanım uyarısıyla.
M1–M5'in her birinin ayrı ve güçlü biçimde eğitilmiş özgün bir AI modeli olması zorunlu değildir. Küçük veri setinde sabit kurallar, mevcut modeller, kalibrasyon ve basit açıklanabilir sıralama yöntemleri tercih edilir.
Frontend, giriş katmanı, backend ve LIMS çekirdeği⚙
API tabanlı modüler mimari, ilişkisel veri tabanı, sürümlenmiş iş akışları, otomatik testler ve güvenli yedekleme. Proje belirli bir ticari veya lisans kısıtlı yazılıma bağımlı bırakılmaz.
Bir mutasyonun birden fazla transkript ve peptidi, bir peptidin birden fazla HLA aleli, bir adayın birden fazla donör ve deney oturumu olabilir — çoktan-çoğa ilişkiler desteklenir. Hasta kimlik eşleştirme anahtarı klinik merkezde kalır; uygulama kodlanmış veri üzerinde çalışır.
Mevcut laboratuvar yazılımından modern platforma geçiş
Masaüstü laboratuvar uygulaması ClickOnce ile dağıtılan bir .NET istemcisidir: WCF wsHttpBinding üzerinden sertifika tabanlı mesaj kimlik doğrulaması (TransportWithMessageCredential), MySQL veri erişimi, iTextSharp ile PDF üretimi, Excel/VBE interop ile rapor aktarımı ve dört yerelleştirme kaynağı (en-US, ru-RU, az-Latn-AZ, tk-TM) içerir. Kurumsal imza sertifikasıyla yayımlanmıştır.
Pakette gömülü sertifika ve bağlantı materyali bulunduğundan, dağıtım dosyaları gizli materyal olarak ele alınmalı ve sürüm kontrolüne açık biçimde konulmamalıdır.
- Masaüstü istemci → tarayıcı tabanlı araştırmacı paneli; ClickOnce dağıtımı yerine sürümlü web dağıtımı
- WCF SOAP uç noktası → belgelenmiş REST/GraphQL API; sertifika + 2FA + RBAC birlikte
- Doğrudan MySQL erişimi → yetkilendirilmiş servis katmanı, satır düzeyi erişim ve denetim izi
- Office interop raporları → sunucu tarafı PDF/CSV üretimi, şablon sürümleme
- Dört dilli kaynak dosyası → merkezi i18n sözlüğü; arayüz TR/EN, veri alanları dil bağımsız
- Serbest metin alanları → kontrollü sözlük, birim ve ölçüm sınırı zorunluluğu
Portal modülleri
Klinik kayıt ve onam
Uygunluk, onam sürümü, klinik veri sözlüğü, dışlama gerekçeleri.
Numune ve soğuk zincir
Transfer formu, sıcaklık kaydı, ambalaj uygunluğu, kabul durumları.
Moleküler QC
Qubit, saflık, RIN, izolasyon verimi, teslim edilen miktar, tekrar gerekçeleri.
Biyoinformatik sürümleme
Referans genom, transkript sürümü, parametrik filtreler, algoritma paketi.
Peptit ve lot yönetimi
Mutant/WT eşleşmesi, HPLC/MS belgeleri, lot, stok, çözündürme.
Hücre bankası ve kriyotank
Donör–HLA–alikot bağı, canlılık, çevrim sayısı, alarm ve konum izleme.
Deney defteri
Plaka haritası, kontrol kabul ölçütleri, operatör, cihaz/lot, ham çıktı dosyası.
Model kayıt defteri
Model kartı, özellik listesi, kilit zaman damgası, performans ve hata türleri.
İstanbul'dan küresel kayda bağlanan bir merkez⚙
Yukarıdaki küre, bu araştırma alanının altyapısını oluşturan kurum türlerini gösterir: veri ve tahmin kaynakları, konsorsiyumlar, düzenleyiciler, standart kuruluşları, biyobanka ağları, klinik merkezler ve fon kuruluşları. Her kayıt kendi resmî sayfasına bağlanır; doğrulama orada yapılır.
| Kayıt / kurum | Tür | Yetki alanı | Bu platformdaki işlevi |
|---|---|---|---|
| IEDB · Immune Epitope Database | veri kaynağı | NIAID / US | Epitop ve MHC bağlanma referans verisi; tahmin araçları ve analiz kaynakları. |
| DTU Health Tech · NetMHCpan 4.1 | tahmin aracı | Denmark / EU | Peptit–HLA sunum/bağlanma percentile-rank skorları; M1 özellik girdisi. Lisans ve sürüm doğrulanır. |
| IPD-IMGT/HLA | nomenklatür | EMBL-EBI / EU | HLA alel adlandırma ve sürüm referansı; donör–hasta alel eşleştirmesinin temeli. |
| pVACtools · Griffith Lab | açık kaynak hat | WashU / US | Neoantijen tanımlama, görselleştirme ve önceliklendirme referans iş akışı; karşılaştırıcı tasarımı. |
| TESLA · Parker Institute & CRI | konsorsiyum | US / küresel | Tümör epitop immünojenisitesi için açık referans ölçüt (benchmark); özellik seçimi ve sıralama değerlendirmesi. |
| GA4GH | standart | küresel | Genomik veri paylaşımı, rıza ve güvenlik çerçeveleri; veri modeli uyumluluğu. |
| DOME Registry · ELIXIR | raporlama standardı | EU | Biyolojide denetimli makine öğrenmesi raporlaması (Veri–Optimizasyon–Model–Değerlendirme) için asgari standart. |
| TRIPOD+AI | raporlama standardı | küresel | Tahmin modeli raporlama kılavuzu; model kartları ve performans raporunun iskeleti. |
| TİTCK | düzenleyici | Türkiye | Klinik araştırma izinleri, doku/hücre merkezleri ve terapötik biyobanka ruhsat ve denetimi. |
| TÜSEB | fon / kapsam onayı | Türkiye | Proje desteği, kapsam değişikliği onayı ve ulusal klinik araştırma kayıt altyapısı. |
| KVKK | veri koruma | Türkiye | Genetik ve sağlık verisinin özel nitelikli kişisel veri olarak işlenmesi; kodlama ve asgari veri ilkesi. |
| SITC | bilimsel dernek | küresel | İmmünoterapi biyobelirteç ve deney harmonizasyonu rehberliği; yayın ve sunum mecrası. |
| BBMRI-ERIC | biyobanka ağı | EU | Biyobanka kalite, rıza ve örnek değişim modelleri; SOP referansı. |
| ISBER | biyobanka standardı | küresel | Biyorepozitory en iyi uygulamaları; kriyoprezervasyon ve izlenebilirlik kayıtları. |
| ISO 20387 · Biobanking | standart | küresel | Biyobanka yetkinlik gereksinimleri; kalite dosyasının dış referansı. |
| EGA · European Genome-phenome Archive | kontrollü arşiv | EU | Kontrollü erişimli genomik/fenotipik veri arşivleme modeli; paylaşım planının referansı. |
| cBioPortal | veri kaynağı | küresel | Melanom somatik varyant ve ekspresyon bağlamı için kamuya açık karşılaştırma kohortları. |
| Sage Bionetworks · Synapse | açık ölçüt platformu | US | Konsorsiyum ölçüt veri setlerinin barındırıldığı platform; tarafsız değerlendirme modeli. |
Bu tablo, yöntem ve kapsam belgelerinde atıf verilen kaynak sınıflarının haritasıdır. Listelenmesi, ilgili kurumla kurulmuş bir iş birliği, onay veya ortaklık anlamına gelmez.
Onam, veri sorumluluğu ve kalite dosyası⚙
Klinik örnekleme, her merkezin onaylı araştırma protokolü, etik kurul kararı ve kurum izni uyarınca yürütülür. İlk hasta kaydı, biyolojik materyal alımı ve herhangi bir genomik çalışma; gerekli onam, kurum izni ve veri/numune paylaşım sözleşmeleri tamamlanmadan başlatılmaz.
Araştırma materyalinin klinik tanısal gereksinimlere tahsisi her durumda önceliklidir. Hiçbir doku yalnızca projeye ayrılmak amacıyla tanısal işlemi aksatmaz.
Genetik ve sağlık verileri özel nitelikli kişisel veri olarak yönetilir. Hasta kimlik anahtarı klinik merkezde tutulurken yazılım ekiplerine yalnızca kodlanmış, asgari gerekli veriler aktarılır. Numunenin gelecekteki kullanımı, biyobanka kapsamı, saklama süresi, olası ticari Ar-Ge işlemleri ve onamın geri çekilmesi ayrı hükümlerle tanımlanır.
Veri sorumlusu ve veri işleyen rolleri sözleşmeyle belirlenmeden kişisel/klinik veri paylaşımı yapılmaz.
Laboratuvar, yazılım ekibi, klinik merkezler ve dış hizmet sağlayıcıları aynı kalite sözlüğünü kullanır. Her ölçüm; analiz kaynağına, kullanılan sürüme, operatöre, cihaz/lot bilgisine ve ham çıktı dosyasına geriye dönük bağlanabilir. Kabul dışı sonuçlar rapordan silinmez; yeniden çalışma nedeni kaydedilir.
Bilimsel kararları etkileyen sürüm değişiklikleri onay ve değişiklik kontrolüne tabidir.
Görev paylaşımı
| Rol | Sorumluluk | Çıktı |
|---|---|---|
| Klinik merkezler (dermatoloji / yetkilendirilmiş klinik birimler) | Hasta tanımlama, onam, biyopsi/cerrahi sırasında araştırmaya uygun doku alımı, klinik verinin kodlanması ve transferi, patolojik tümör içeriğinin değerlendirilmesi. | Kodlanmış klinik veri seti, numune transfer formu, kimlik anahtarının merkezde kontrollü tutulması. |
| Biyoteknoloji laboratuvarı | Kabul ve soğuk zincir kontrolü, doku/kan işleme, DNA-RNA-PBMC izolasyonu, hücre kalite testleri, kriyoprezervasyon, fonksiyonel deneyler, bilimsel biyoinformatik ve araştırma kalite sistemi. | Moleküler aday havuzu, fonksiyonel veri seti, QC ve SOP dosyası, bilimsel kabul kararı. |
| Üniversite yazılım / AI iş paketi | Yazılım mimarisi, veri entegrasyonu, LIMS uygulaması, araştırmacı arayüzü, erişim yetkilendirmesi, denetim izi, model geliştirme ve teslim. | Çalışan platform, API/veri sözlüğü, model kartları, kurulum paketleri, kaynak kodu ve kullanıcı kabul testleri. |
| Dış hizmet sağlayıcıları | WES, RNA-seq, yüksek çözünürlüklü HLA tiplemesi, peptit sentezi, seçilmiş TCR dizilemeleri — teknik şartnameye bağlı. | FASTQ ve kalite raporları, HPLC/MS belgeleri, TCR verisi; bağımsız doğrulama sonrası kabul. |
| Ortak bilimsel kurul | Bilimsel uygunluk, kapsam değişikliği, kilit kararları ve son kabul. | Karar kapısı tutanakları, sürüm onayları, kapsam değişikliği tablosu. |
Bu merkezi kim düzenler, kim fonlar, kim veri sağlar⚙
Bir araştırma merkezi boşlukta durmaz: bir yetki alanına bağlıdır, belirli kurumlar tarafından denetlenir, belirli fonlardan beslenir ve yöntemini başka kurumların yayımladığı veriye dayandırır. Bu bölüm o ağı tek bir kanonik sicilden türetir — Türkiye ve uluslararası; devlet, kamu, özel sektör, akademi, meslek örgütleri, fon kuruluşları, standart kuruluşları ve bilgi kaynakları. Aynı sicil küreyi, hiyerarşi ağacını, ilişki grafiğini ve değer zincirini besler; dolayısıyla dört görünüm birbiriyle çelişemez.
Bu sicil alanın altyapısını haritalar. Bir kurumun burada listelenmesi, NEOIMMUNAI ile kurulmuş bir iş birliği, onay ya da ortaklık anlamına gelmez; «iş birliği adayı» ilişkisi yalnızca yöntemin hangi aşamasında böyle bir iş birliğinin anlamlı olacağını gösterir. Listelenen hiçbir kurum bu siteyi incelemiş ya da onaylamış değildir.
Aktör sicili
Tür, yetki alanı, katman ve ilişkiye göre filtreleyin; sütun başlığına tıklayarak sıralayın; arama kutusu tüm alanlarda çalışır.
Altı merkez. Her birinin boyutları yazılı.◉
Bir merkezin çok boyutlu olması bir nitelemeden fazlasıdır: boyutları ve her boyutun düzeyleri listelenir, böylece o merkezde tutulan her şey boyut başına bir düzey söylenerek yerleştirilir. Entegrasyon merkezi bunların ilki ve en genişidir — soyut ya da somut, yazılımsal ya da donanımsal, devlet ya da özel, kişi ya da kurum ayrımı gözetmeden her şeyin bu sisteme hangi süreç üzerinden bağlandığını tutar.
Merkezler
Her kartta o merkezin boyutları, bu sitede gerçekten çalışan kısmı ve yalnızca gereksinim beyanı olan kısmı ayrı ayrı yazılıdır. Bir merkezi açmak için başlığına tıklayın.
Kabul sözleşmesi · yeni bir düğüm nasıl eklenir
Bu merkez genişlemeye açıktır, çünkü yeni bir düğüm eklemek bir kod değişikliği değil bir veri satırıdır. Satırın kabul edilmesi için aşağıdaki dokuz alanın hepsinin beyan edilmesi gerekir. Bir alan beyan edilemiyorsa düğüm reddedilmez — henüz kabul edilebilir değildir ve eksik alan adıyla yazılır.
Yol kütüğü
Platform bileşen eşlemesi
Bu sitenin mimarisi bir başka platformun mimarisinden eşlenmiştir. Hangi bileşenin karşılığının ne olduğu ve eşlemenin motor, desen mi yoksa varlık düzeyinde mi olduğu aşağıda yazılıdır — bir mimariyi devralmak onu gizlemek için bir sebep değildir.
Yedi katman. Sekiz değişmez. Tek yön.◈
Bir mimariyi akıllı yapan şey parça sayısı değil, bütün parçaların uyduğu az sayıda kuraldır. Bu sistemde yedi katman ve sekiz değişmez vardır. Katmanlar neyin nerede durduğunu söyler; değişmezler hiçbir katmanın ihlal edemeyeceği şeyi söyler. Sitenin her bölümü bu sekiz kurala karşı denetlenebilir — aşağıdaki uygunluk tablosu bunu yapar.
Sekiz değişmez
Her değişmez üç şey söyler: kural nedir, hangi bileşen onu uygular, ve bırakılırsa ne kırılır. Üçüncüsü olmadan bir kural bir slogandır.
Uygunluk tablosu
Sitenin her bileşeni, hangi kanonik kütükten türediği ve hangi değişmezlerin onu bağladığıyla birlikte listelenir. Bir bileşenin kendi kütüğü yoksa türetilmiştir; türetilmiş bir bileşen hiçbir olguyu ikinci kez beyan etmez.
Yirmi yedi ajan, altı katman, tek yetki zinciri.⚙
Her ajanın bir uzmanlık alanı, bir girdi/çıktı sözleşmesi, bir durdurma kuralı, bir gecikme bütçesi, bir eşzamanlılık sınırı, bir yük profili ve bir yükseltme yolu vardır. Katmanlar yukarıdan aşağıya yetkilendirir, aşağıdan yukarıya hesap verir: bir ajan kendi görev tanımını genişletemez, bir alt katman üst katmanın kapısını geçemez.
Ajan kütüğü
Yazılım ve donanım gereksinim beyanı
Aşağıdaki değerler, yukarıdaki ajan kaydındaki yük profillerinin toplamından türetilmiştir ve bir gereksinim beyanıdır. Hiçbir satır satın alınmış, kiralanmış veya kurulmuş bir kaynağı temsil etmez; bu sitede çalışan tek gerçek altyapı katmanı yönetişim katmanıdır (portal kayıtları).
Modelleri kim yönetir, kararları kim kaydeder⚙
Bir yapay zekâ sistemini kurmak ile onu yönetmek ayrı işlerdir. Bu merkez, ikincisi için ISO/IEC 42001:2023'ü esas alır — yapay zekâ yönetim sistemleri (AIMS) için yayımlanmış ilk uluslararası standart. Standart, yapay zekânın nasıl inşa edileceğini değil, kuruluşun onu hangi politikalar, riskler ve kontrollerle yöneteceğini tanımlar: 4–10. maddeler gereklilikleri, Ek A ise dokuz kontrol hedefi altında 38 kontrolü taşır.
Açıkça belirtmek gerekir: bu merkez ISO/IEC 42001 sertifikasına sahip değildir ve hiçbir dış denetimden geçmemiştir. Burada iddia edilen şey, standardın istediği kayıtların — model sicili, ajan sözleşmeleri, risk kaydı, etki değerlendirmesi, olay kaydı ve çalıştırma kayıtları — gerçekten var olduğu, sürümlendiği ve denetlenebilir olduğudur. Bir sertifika, bir denetçinin neye baktığını belgeler; bu sayfa ise kayıtların var olduğunu gösterir.
Uygulanabilirlik bildirimi — Ek A'nın dokuz kontrol hedefi
«Uygulanıyor», o hedefin gerektirdiği kayıtların var olduğu anlamına gelir; dışarıdan doğrulandığı anlamına gelmez. Duruma göre filtreleyin.
Yönetilen şey nedir
Her model sürümü, sınırlarıyla birlikte
Bir model sicile girmeden kullanılamaz. Kayıt; amacı, eğitim verisinin kaynağını, başarım ölçütlerini ve — zorunlu alan olarak — bilinen sınırlarını taşır. Kilitlenmiş bir sürüm değiştirilemez; yalnızca durumu emekliye ayrılabilir. Böylece bir karar, alındığı andaki model sürümüyle birlikte geriye dönük okunabilir.
Sekiz ajan, dört parçalı sözleşme
Orkestrasyondaki her ajan, sicile dört parçalı bir sözleşmeyle girer: kabul ettiği girdi, ürettiği çıktı, çıktının geçerli sayılma koşulu ve başarısızlık davranışı. Dördü yazılmadan ajan etkinleştirilmez. Bu, bir ajanın sessizce yanlış sonuç üretip akışı sürdürmesini imkânsız kılar.
Riskin sahibi vardır, etkinin kararı
Risk kaydındaki her satır bir kaynağa (veri, model, süreç, insan, dış, güvenlik), bir olasılık ve etki derecesine, bir işlem planına ve bir sahibe bağlıdır. Etki değerlendirmesi ise ayrı bir kayıttır: kimin etkilendiği, olası zararlar, azaltıcı önlemler ve verilen karar — devam, koşullu devam ya da durdur.
Kayıtların tamamı portalın YZ Yönetim Sistemi bölümünde tutulur ve rol tabanlı erişimle açılır: risk, olay ve etki kayıtlarını araştırmacı, laboratuvar ve değerlendirici rolleri okuyabilir; yalnızca sahip ve yönetici yazabilir. Her değişiklik yeni bir sürüm üretir ve eski sürüm silinmez; her kimlik ve kayıt işlemi eklemeli denetim kaydına yazılır.
Alanın bugünkü kanıt düzeyi ve bu merkezin konumu⚙
Bireyselleştirilmiş neoantijen tedavisi, 2026'da ilk kez faz 3 düzeyinde pozitif sonuç verdi. Bu bölüm o kanıtı ve onun bu merkezin tasarımına getirdiği kısıtları olduğu gibi aktarır — iddiayı kanıtın bir adım ötesine taşımadan.
Neyin kanıtlandığı, neyin kanıtlanmadığı
Kanıtlanmış
Somatik mutasyonlardan köken alan neoantijenler T hücreleri tarafından tanınır ve tümör reddine aracılık edebilir. Bireyselleştirilmiş neoantijen aşıları hasta başına haftalar ölçeğinde üretilebilir ve tolere edilebilir. Adjuvan ortamda, kontrol noktası inhibitörüne eklendiğinde nükssüz ve uzak metastazsız sağkalımı uzatır (faz 3). Sunum ve T hücre tanıma özelliklerine ağırlık veren hatlar, yalnızca bağlanma afinitesine dayananlardan daha iyi performans gösterir.
Kanıtlanmamış — bu merkez de iddia etmez
Genel sağkalım yararı: faz 3 ara analizinde olgunlaşmamıştır. İn siliko tahminin immünojenisiteyi güvenilir biçimde öngördüğü: araçlar arası uyum düşüktür ve tahmin ile deneysel olarak doğrulanmış sunum arasında belirgin uyumsuzluk vardır. Melanom dışı tümörlere ve farklı HLA dağılımlarına genellenebilirlik: modeller ağırlıkla belirli HLA tipleri üzerinde eğitilmiştir. Bu merkezin kendi hedeflerine dair hiçbir sonuç: sitedeki tüm sayılar planlanan hedef ya da sentetik gösterimdir, hasta verisi yoktur.
Sınırlar ve bu merkezdeki karşılıkları
Sütun başlıklarına tıklayarak sıralayın, arama kutusuyla filtreleyin.
Standartlara uyum matrisi
Bir yöntem, yalnızca hangi raporlama standardına göre yazıldığını açıkça belirttiğinde akademik olarak kullanılabilir. «Benimsendi», yöntemin o standarda göre yazıldığı anlamına gelir; o standardın gerektirdiği sonuçların üretildiği anlamına gelmez.
Derin okumaya geçin.⚙
Yayın korpusu altı başlıktan oluşur: referans kitap, araştırma raporu, etkileşimli rapor, özet rapor, özet kitap ve klasik atlas. Her yayın çift dillidir, tarayıcıda okunur ve PDF olarak indirilebilir. Aşağıdaki sayfa sayıları, hacimler ve SHA-256 özetleri tahmin değildir: yayımlanan dosyalardan hesaplanmıştır.
Okuma yolları
Korpusu baştan sona okumak zorunda değilsiniz. Aşağıdaki yollar, farklı okuyucu rolleri için anlamlı bir sırayla bölümleri listeler; her bağlantı doğrudan ilgili bölüme gider.
İçindekiler tarayıcısı
Korpustaki tüm bölüm ve alt bölümlerde arama yapın; sonuç, ilgili yayının o bölümüne götürür.
Hiçbir yayın klinik karar desteği ya da tedavi önerisi içermez. Yayınlarda geçen tüm sayılar planlanan hedef ya da sentetik gösterimdir; bu merkezde henüz hiçbir hasta dâhil edilmemiş, hiçbir numune alınmamış ve hiçbir veri üretilmemiştir. PDF sürümleri HTML kaynaklarından üretilmiştir; SHA-256 özetleri HTML belgenin özetidir ve bir dosyanın değiştirilip değiştirilmediğini doğrulamak için kullanılabilir.
Yöntemin dayandığı akademik referanslar⚙
Her künye tek tek doğrulanmıştır: dergi, cilt, sayfa ve DOI birincil kayıttan karşılaştırılmıştır. Tema, yazar, dergi, yıl ya da DOI ile filtreleyin; görünen kaynakları BibTeX veya RIS olarak kopyalayın.
Bu kaynağa nasıl atıf verilir
Bu site bir araştırma kaynağıdır; hakem değerlendirmesinden geçmiş bir yayın değildir. Atıf verirken sürümü ve erişim tarihini belirtin — içerik kanıt durumu değiştikçe güncellenir.
İstanbul merkezli, çok merkezli yürütme⚙
NEOIMMUNAI · İstanbul
Bilimsel koordinasyon, laboratuvar yürütmesi, biyoinformatik ve veri kabulü İstanbul'da tek merkezde toplanır. Platform geliştirme ve model teslimi aynı merkezin yazılım iş paketi tarafından yürütülür.
İstanbul, Türkiye · UTC+03:00
İki yetkilendirilmiş klinik merkez
Dermatoloji ve ilgili yetkili klinik birimler; her merkezin kendi etik kurul kararı, kurum izni ve veri/numune transfer ekiyle. Klinik kayıt üst hedefi 35 hasta, moleküler analiz kotası 32 hasta, değerlendirilebilir hedef ~24 hasta olarak ayrı ayrı izlenir.
Kimler başvurabilir
- Klinik merkezler ve patoloji birimleri
- Biyoinformatik ve AI araştırma grupları
- Dizileme, peptit sentezi ve TCR hizmet sağlayıcıları
- Fon kuruluşları ve düzenleyiciler
Bu site hasta başvurusu kabul etmez, tanı veya tedavi hizmeti sunmaz ve hiçbir koşulda tıbbi tavsiye vermez. Hasta katılımı yalnızca yetkilendirilmiş klinik merkezlerde, onaylı protokol ve bilgilendirilmiş onam süreciyle mümkündür.